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シカジーニアス®分子疫学解析POTキット(黄色ブドウ球菌用)

s_pot_staph_title.jpg

メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(MRSA)は医療関連感染の主な原因菌であり、この蔓延防止には菌体
間の相同性などを解析し、適切な拡散予防策を講じる必要があります。
藤田医科大学の鈴木匡弘先生により開発されたPCR-based ORF Typing(POT法)は、マルチプ
レックスPCRを用いて複数の特定遺伝子を同時に増幅し、アガロース電気泳動で検出された増幅バン
ドパターンを解析し、菌体間の相同性を比較する方法です。

特長

●約4時間で分子疫学解析が可能
●パルスフィールドゲル電気泳動(PFGE)と異なり、汎用的な機器で測定可能
●解析結果を数値化(POT値)にすることで、菌体間の相同性を比較可能

キット構成

 個別名称容量数量
試薬A AptaTaq DNA Master(5×Conc.)* 1.0 mL 1 本
試薬B PCRサプリメント 1.0 mL 1 本
試薬C プライマーミックスα 0.5 mL 1 本
試薬D プライマーミックスβ 0.5 mL 1 本
試薬E ポジティブコントロール 1.0 mL 1 本
試薬F 6×ローディングバッファー(BPB・XC) 1.0 mL 1 本

*AptaTaq DNA Master(5×Conc.)は、Roche Diagnostics K.K.の商品です。

操作手順

黄色ブドウ球菌を単離する(培養)
DNA抽出を行い、テンプレートDNAを調製
2種類のマルチプレックスPCR
アガロースゲル電気泳動
バンドパターンの読み取り
POT値の算出
各検体でのPOT値の比較解析

解析方法

s_pot_staph_1.jpg
電気泳動のパターン

50 : 50 bp DNAラダー
P:ポジティブコントロール
1:ATCC® 700699(MRSA Mu50)
2:ATCC® BAA-1556(MRSA USA300)
3:ATCC® 43300(MRSA)
4:ATCC® 25923(MSSA)
5:ATCC® 29213(MSSA)
6,7:集団感染事例1から得られた臨床分離株
8,9:集団感染事例2から得られた臨床分離株

藤田医科大学 鈴木匡弘先生のご厚意により、電気泳動パターンの実例データをご提供頂きました。

検出ORFの種類(ターゲット領域)とそのPCR増幅産物サイズ

 POT No.増幅サイズ(bp)ターゲット領域

Reaction
mixture 1
femA 601 S. aureus positive control
POT 1-1 530 mecA
POT 1-2 449 mec gene complex class B
POT 1-3 355 SCCmec type Ⅱa specific
POT 2-1 304 Tn554
POT 2-2 271 プロファージ
POT 2-3 228 プロファージ
POT 2-4 197 プロファージ
POT 2-5 161 プロファージ
POT 2-6 131 プロファージ
POT 2-7 106 プロファージ
POT 2-8 81 Genomic Island
Reaction
mixture 2
femA 601 S. aureus positive control
POT 1-4 477 cassette chromosome recombinase A2
POT 1-5 388 遺伝的バックグラウンド
POT 1-6 320 遺伝的バックグラウンド
POT 1-7 273 mec gene complex class A
POT 3-1 243 プロファージ
POT 3-2 197 プロファージ
POT 3-3 171 プロファージ
POT 3-4 140 プロファージ
POT 3-5 115 プロファージ
POT 3-6 95 プロファージ
POT 3-7 78 プロファージ

①2つのマルチプレックスPCRの電気泳動結果からバンドパターンを読み取ります。
②この電気泳動のバンドの有無の結果を用いて、POT値解析用エクセルシートに二進法で入力し、3つのカテゴリーのPOT値を算出します。
ⅰ)femAが陽性の場合、その検体は黄色ブドウ球菌であることが確認できます。
また、MRSAの場合、POT 1の値の合計は64以上になります。
ⅱ)検体間のPOT値を比較することで、菌体間の相同性を客観的に推測できます。
ⅲ)集団感染から得られた菌体は、POT 1~3のPOT値が全て同一になります。


カテゴリー
サンプル番号
123456789
POT 1 93 106 95 6 4 93 93 73 73
POT 2 255 77 136 16 58 190 190 156 156
POT 3 96 113 66 35 112 103 103 120 120


製品一覧

製品番号 製品名 保存温度 規格 包装 価格
08178-96 シカジーニアスR DNA抽出試薬
Cica geneusR DNA extraction reagent
冷蔵 分子生物学用 1pack(120回分) ¥22,000
08180-96 シカジーニアスR 分子疫学解析POTキット(黄色ブドウ球菌用)
Cica geneusR staph POT kit
冷凍 分子生物学用 1pack(120回分) ¥83,000
08180-97 シカジーニアスR 分子疫学解析POTキット(黄色ブドウ球菌用)
Cica geneusR staph POT kit
冷凍 分子生物学用 1pack(30回分) ¥38,000

・「法律」,「SDS」,「在庫」など詳細情報は、製品番号をクリックいただきご確認いただけます。
・試薬のご購入とご使用に際して

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Cica geneusR Carbapenemase Genotype detection kit 2
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Cica geneusR E.coli POT kit
冷凍 分子生物学用 1pack(30回分) ¥42,000
08116-96 シカジーニアスR ESBL遺伝子型検出キット2
Cica geneusR ESBL Genotype Detection KIT2
冷凍 分子生物学用 1pack(30回分) ¥42,000
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Cica geneusR staph coaglase detection set
冷凍 分子生物学用 1pack(50回分) ¥50,000
08180-96 シカジーニアスR 分子疫学解析POTキット(黄色ブドウ球菌用)
Cica geneusR staph POT kit
冷凍 分子生物学用 1pack(120回分) ¥83,000
08180-97 シカジーニアスR 分子疫学解析POTキット(黄色ブドウ球菌用)
Cica geneusR staph POT kit
冷凍 分子生物学用 1pack(30回分) ¥38,000
08115-96 シカジーニアスR毒素遺伝子検出キット(C. difficile用)
Cica geneusR Toxin Gene Detection KIT (for C. difficile)
冷凍 分子生物学用 1pack(30回分) ¥42,000

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分離培地
製品番号 製品名 保存温度 包装 価格
72046 クロモアガーMRSAスクリーン培地
CHROMagarTM MRSA medium (Prepared media)
冷蔵 10枚 ¥2,800
72075 クロモアガーMRSA/スタッフアウレウス分画培地
CHROMagarTM MRSA/Staph aureus (Prepared media)
冷蔵 10枚×2 ¥6,000

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パンフレット

シカジーニアス® 分子疫学解析キット(黄色ブドウ球菌用) (1,834KB)

取扱説明書

シカジーニアス®分子疫学解析POTキット(黄色ブドウ球菌用)(725KB)

計算シート(ZIPファイル、エクセル)

POT(Staph)計算シート(ZIPファイル、730KB)

関連詳細ページ

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シカジーニアス® 薬剤耐性菌・病原因子関連PCRキットシリーズ
シカジーニアス® DNA抽出試薬
シカジーニアス® 核酸精製キット
電気泳動槽
ゲル撮影装置・UVトランスイルミネーター
サーマルサイクラー ジーンアトラス



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