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シカジーニアス® 分子疫学解析POTキット(アシネトバクター属菌用)

アシネトバクター属菌は、医療環境を含め、自然環境中に広く存在する日和見感染菌です。
また、抗菌薬に高度耐性を示すアシネトバクター属菌も含め監視することが、医療関連感染対策を講じる上で重要とされています。
名古屋大学の荒川先生ならびに藤田医科大学の鈴木先生によって開発されたPCR-based ORF Typing(POT法)では、
マルチプレックスPCRを用い、アシネトバクター属菌の保有する複数の特定遺伝子領域を増幅し、アガロースゲル電気泳動法によって分離されたバンドパターンを数値化することで、菌種の簡易同定およびA. baumannii
菌株識別と国際流行クローンの識別ができます。

*本試験法は、厚生労働科学研究費補助金 新興・再興感染症に対する革新的医薬品等開発推進事業(H24-新興-一般-010)により開発されたものです。

特長

●菌種の簡易同定(A. baumanniiA. pittiiA. nosocomialisA. sp. close to 13 TU)が可能
A. baumanniiの菌株識別が可能
A. baumanniiの国際流行クローン(International cloneⅠおよびⅡ)の識別が可能
●Multilocus Sequence Typing(MLST)法とほぼ同等の識別能

キット構成(30回)

 個別名称容量数量
試薬A AptaTaq DNA Master(5×Conc.)* 240 μL 1 本
試薬B PCRサプリメント 240 μL 1 本
試薬C プライマーミックスα 120 μL 1 本
試薬D プライマーミックスβ 120 μL 1 本
試薬E ポジティブコントロール 240 μL 1 本
試薬F 6×ローディングバッファー(BPB・XC) 240 μL 1 本

*AptaTaq DNA Master(5×Conc.)は、Roche Diagnostics K.K.の商品です。

操作手順

分離した菌株を純培養
DNA抽出を行い、テンプレートDNAを調製
2種類のマルチプレックスPCR
アガロースゲル電気泳動
バンドパターンの読み取り
POT値の算出
各検体でのPOT値の比較解析

解析方法

s_eidouzou_acineto.png

電気泳動のパターン

50 : 50 bp DNAラダー
PC:ポジティブコントロール
1,2:A. baumannii(ST2)同一事例から得られた臨床分離株
3:A. baumannii(ST2)
4:A. baumannii(ST2)多剤耐性 A. baumannii
5:A. baumannii(ST1)ATCC® BAA1605
6:A. baumannii(ST1)
7:A. baumannii(ST152)
8:A. baumannii(ST34)
9:A. pittii
10:A. nosocomialis
11:A. sp. close to A. nosocomialis
名古屋大学の荒川宜親先生と藤田医科大学 鈴木匡弘先生のご厚意により、電気泳動パターンの実例データをご提供頂きました。

検出ORFの種類(ターゲット領域)とそのPCR増幅産物サイズ

 POT No.増幅サイズ(bp)ターゲット領域

Reaction
mixture 1
PCR PC 553 atpA
A. baumannii 465 OXA-51
A. pittii 401 Specific gene
A. nosocomialis 362 Specific gene
A. sp. close to 13TU 321 Specific gene
POT 1-1 271 Genomic Islet-1
POT 1-2 231 Genomic Islet-2
POT 1-3 189 Genomic Islet-3
POT 1-4 151 Genomic Islet-4
POT 1-5 122 Genomic Islet-5
POT 1-6 102 Genomic Islet-6
POT 1-7 81 Genomic Islet-7
Reaction
mixture 2
PCR PC 565 OXA-51
POT 2-1 457 Genomic Island-1
POT 2-2 388 Genomic Island-2
POT 2-3 329 Genomic Island-3
POT 2-4 280 Genomic Island-4
POT 2-5 237 Genomic Island-5
POT 2-6 209 Genomic Island-6
POT 3-1 185 Genomic Island-7
POT 3-2 160 Genomic Island-8
POT 3-3 139 Genomic Island-9
POT 3-4 120 Genomic Island-10
POT 3-5 101 Genomic Island-11
POT 3-6 81 Genomic Island-12

①2つのマルチプレックスPCRの電気泳動結果からバンドパターンを読み取ります。
②この電気泳動のバンドの有無の結果を用いて、POT値解析用エクセルシートに二進法で入力し、3つのカテゴリーのPOT値を算出します。
ⅰ)PCR PCが陽性の場合、その検体はアシネトバクター属菌であることが確認できます。
ⅱ)POT値1が1000未満であればA. baumannii、1000以上2000未満であればA. pittii
  2000以上3000未満であればA. nosocomialis、3000以上4000未満であればA. sp. close to 13TU、
  4000以上であればアシネトバクター属菌であるが菌種は不明と判定されます。
ⅲ)検体間のPOT値を比較することで、A. baumanniiの菌体間の相同性を客観的に推測できます。
ⅳ)集団感染から得られた菌体は、POT1~3のPOT値が全て同一となります。


カテゴリー
サンプル番号
1234567891011
POT 1 122 122 122 122 69 69 72 104 1105 2105 3105
POT 2 59 59 26 53 46 42 0 8 0 0 0
POT 3 54 54 54 41 59 27 8 0 0 0 0

製品一覧

製品番号 製品名 保存温度 規格 包装 価格
08062-96 シカジーニアスR 分子疫学解析POTキット(アシネトバクター属菌用)
Cica geneusR Acineto POT KIT
冷凍 分子生物学用 1pack(30回分) ¥42,000
08178-96 シカジーニアスR DNA抽出試薬
Cica geneusR DNA extraction reagent
冷蔵 分子生物学用 1pack(120回分) ¥22,000

本キットは愛知県と名古屋大学から特許許諾を得て、製造販売しております。
他メーカーの商品に関するライセンス・パテントについては、各メーカーにご確認ください。
製品の仕様は、製品の改良のため変更する場合がございます。あらかじめご了承ください。

・「法律」,「SDS」,「在庫」など詳細情報は、製品番号をクリックいただきご確認いただけます。
・試薬のご購入とご使用に際して

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08143-96 シカジーニアスR AmpC遺伝子型検出キット
Cica geneusR AmpC Genotype detection kit
冷凍 分子生物学用 1pack(30回分) ¥38,000
08158-96 シカジーニアスR カルバペネマーゼ遺伝子型検出キット2
Cica geneusR Carbapenemase Genotype detection kit 2
冷凍 分子生物学用 1pack(30回分) ¥42,000
08362-97 シカジーニアスR 分子疫学解析POTキット(大腸菌用)
Cica geneusR E.coli POT kit
冷凍 分子生物学用 1pack(30回分) ¥42,000
08116-96 シカジーニアスR ESBL遺伝子型検出キット2
Cica geneusR ESBL Genotype Detection KIT2
冷凍 分子生物学用 1pack(30回分) ¥42,000
08087-96 シカジーニアスR 病原遺伝子検出PCRキット(下痢原性大腸菌用)
Cica geneusR Pathogenesis Gene Detection PCR Kit (for Diarrheagenic E.coli)
冷凍 分子生物学用 1pack(100回分) ¥85,000
08187-96 シカジーニアスR 分子疫学解析POTキット(緑膿菌用)
Cica geneusR Pseudo POT kit
冷凍 分子生物学用 1pack(50回分) ¥64,000
08179-96 シカジーニアスR コアグラーゼ検出セット
Cica geneusR staph coaglase detection set
冷凍 分子生物学用 1pack(50回分) ¥50,000
08180-96 シカジーニアスR 分子疫学解析POTキット(黄色ブドウ球菌用)
Cica geneusR staph POT kit
冷凍 分子生物学用 1pack(120回分) ¥83,000
08180-97 シカジーニアスR 分子疫学解析POTキット(黄色ブドウ球菌用)
Cica geneusR staph POT kit
冷凍 分子生物学用 1pack(30回分) ¥38,000
08115-96 シカジーニアスR毒素遺伝子検出キット(C. difficile用)
Cica geneusR Toxin Gene Detection KIT (for C. difficile)
冷凍 分子生物学用 1pack(30回分) ¥42,000

・「法律」,「SDS」,「在庫」など詳細情報は、製品番号をクリックいただきご確認いただけます。
・試薬のご購入とご使用に際して

分離培地
製品番号 製品名 保存温度 包装 価格
72118 クロモアガーMDRAスクリーン培地
CHROMagarTM MDRA
冷蔵 10枚 ¥3,200

・「法律」,「SDS」,「在庫」など詳細情報は、製品番号をクリックいただきご確認いただけます。
・試薬のご購入とご使用に際して

パンフレット

シカジーニアス® 分子疫学解析POTキット(アシネトバクター属菌用) (2,068KB)

取扱説明書

シカジーニアス®分子疫学解析POTキット(アシネトバクター属菌用) (1,764KB)

計算シート(ZIPファイル、エクセル)

 POT値解析用エクセルシート(ZIPファイル、730KB)

関連詳細ページ

シカジーニアス® POTキットシリーズ
シカジーニアス® 薬剤耐性菌・病原因子関連PCRキットシリーズ
シカジーニアス® DNA抽出試薬
シカジーニアス® 核酸精製キット
電気泳動槽
ゲル撮影装置・UVトランスイルミネーター
サーマルサイクラー ジーンアトラス



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