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シカジーニアス® 分子疫学解析POTキット(大腸菌用)

s_EcoilPOT_top.png

大腸菌(E. coli)は、自然環境中に広く存在する日和見感染菌です。医療環境においては、食中毒や
院内感染といった集団感染の原因になることが多く、感染管理が重要となります。
本キットは、大腸菌の菌種同定、クローン同定および菌株識別を行うための遺伝子型別キットです。
PCR-based ORF Typing(POT)法では、マルチプレックスPCRを用い、大腸菌の保有する複数の特定遺伝子領域を増幅し、アガロースゲル電気泳動法によって分離されたバンドパターンを数
値化することで、クローン同定および菌株識別を遺伝学的に決定します。

特長

●解析結果を数値化(POT値)することで、E.coil の菌株識別が可能。
●約4時間以内で分子疫学解析が可能。
●特別な装置は不要。
●特にESBL産生大腸菌において、PFGEに近い識別能。

キット構成(30回)

 個別名称容量数量
試薬A AptaTaq DNA Master(5×Conc.)* 240 μL 1 本
試薬B PCRサプリメント 240 μL 1 本
試薬C プライマーミックスα 120 μL 1 本
試薬D プライマーミックスβ 120 μL 1 本
試薬E ポジティブコントロール 240 μL 1 本
試薬F 6×ローディングバッファー(BPB・XC) 240 μL 1 本

*AptaTaq DNA Master(5×Conc.)は、Roche Diagnostics K.K.の商品です。

操作手順

分離した菌株を純培養
DNA抽出を行い、テンプレートDNAを調製
2種類のマルチプレックスPCR
アガロースゲル電気泳動
バンドパターンの読み取り
POT値の算出
各検体でのPOT値の比較解析

解析方法

s_EcoilPOT_rei1.png

電気泳動のパターン
M:50 bp DNAラダー
P:ポジティブコントロール
N:ネガティブコントロール(TE緩衝液)
1-4 : 大腸菌の分離株


検出ORFの種類(ターゲット領域)とそのPCR増幅産物サイズ

 POT No.増幅サイズ(bp)ターゲット領域

Reaction
mixture 1
PCR PC 652 E.coil 判定領域
POT 1-1 511 Genomic Islet-1
POT 1-2 415 Genomic Islet-2
POT 1-3 363 Genomic Islet-3
POT 1-4 307 Genomic Islet-4
POT 1-5 253 Genomic Islet-5
POT 1-6 222 Genomic Islet-6
POT 2-1 178 bla CTX-M-2
POT 2-2 146 Genomic Island-1
POT 2-3 123 Genomic Island-2
POT 2-4 98 Genomic Island-3
POT 2-5 80 Genomic Island-4
Reaction
mixture 2
PCR PC 652 E.coil 判定領域
POT 2-6 527 Genomic Islet-7
POT 2-7 436 Genomic Island-5
POT 2-8 361 bla CTX-M-1
POT 3-1 311 Genomic Island-6
POT 3-2 250 Genomic Island-7
POT 3-3 219 Genomic Islet-8
POT 3-4 179 Genomic Island-8
POT 3-5 154 Genomic Island-9
POT 3-6 122 Genomic Islet-9
POT 3-7 102 Genomic Island-10
POT 3-8 79 bla CTX-M-9

①2つのマルチプレックスPCRの電気泳動結果からバンドパターンを読み取ります。
②この電気泳動のバンドの有無の結果を用いて、POT値解析用エクセルシートに二進法で入力し、3つのカテゴリーのPOT値を算出します。
ⅰ)PCR PCが陽性の場合、大腸菌(Escherichia coli )と判定します。
ⅱ)POT2の値が奇数であればCTX-M-1 group、128 以上であればCTX-M-2 group、
  POT3の値が奇数であればCTX-M-9 group の各ESBL 遺伝子を保有しています。
ⅲ)検体間のPOT 値を比較することで、E. coli の菌体間の相同性を客観的に推測出来ます。
ⅳ) 集団感染から得られた菌体はPOT 1 ~ 3 のPOT 値が全て同一になります。

解析結果


カテゴリー
サンプル番号
1234
POT 1 20 26 49 49
POT 2 1 144 58 101
POT 3 94 4 215 178

製品一覧

製品番号 製品名 保存温度 規格 包装 価格
08178-96 シカジーニアスR DNA抽出試薬
Cica geneusR DNA extraction reagent
冷蔵 分子生物学用 1pack(120回分) ¥22,000
08362-97 シカジーニアスR 分子疫学解析POTキット(大腸菌用)
Cica geneusR E.coli POT kit
冷凍 分子生物学用 1pack(30回分) ¥42,000

★本キットは愛知県と中部大学から特許許諾を得て、製造販売しております。
★他メーカーの商品に関するライセンス・パテントについては、各メーカーにご確認ください。
★製品の仕様は、製品の改良のため変更する場合がございます。あらかじめご了承ください。

・「法律」,「SDS」,「在庫」など詳細情報は、製品番号をクリックいただきご確認いただけます。
・試薬のご購入とご使用に際して

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Cica geneusR Carbapenemase Genotype detection kit 2
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Cica geneusR E.coli POT kit
冷凍 分子生物学用 1pack(30回分) ¥42,000
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Cica geneusR ESBL Genotype Detection KIT2
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冷凍 分子生物学用 1pack(120回分) ¥83,000
08180-97 シカジーニアスR 分子疫学解析POTキット(黄色ブドウ球菌用)
Cica geneusR staph POT kit
冷凍 分子生物学用 1pack(30回分) ¥38,000
08115-96 シカジーニアスR毒素遺伝子検出キット(C. difficile用)
Cica geneusR Toxin Gene Detection KIT (for C. difficile)
冷凍 分子生物学用 1pack(30回分) ¥42,000

・「法律」,「SDS」,「在庫」など詳細情報は、製品番号をクリックいただきご確認いただけます。
・試薬のご購入とご使用に際して

分離培地
製品番号 製品名 保存温度 包装 価格
72101 クロモアガーESBL生培地
CHROMagarTM ESBL(prepared)
冷蔵 10枚 ¥3,100
72120 クロモアガーオリエンタシオン/ESBL分画培地
CHROMagarTM Orientation/ESBL Agar
冷蔵 10枚 ¥2,800

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パンフレット

シカジーニアス® 分子疫学解析キット(大腸菌用) (1,695KB)

取扱説明書

シカジーニアス® 分子疫学解析POTキット(大腸菌用)(926KB)

計算シート(ZIPファイル、エクセル)

POT(E.coli)計算シート(ZIPファイル)

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ゲル撮影装置・UVトランスイルミネーター
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