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シカジーニアス® 分子疫学解析POTキット(C.ディフィシル用)

Clostridium difficile (Clostridioides difficile)は、抗菌薬関連下痢症・偽膜性大腸炎の主要な起因菌であ
るため、医療関連感染の点から重要であり、日常的な感染管理対策が必要です。
本キットは、C. difficileのクローン同定、菌株識別を行うための遺伝子型別キットです。
藤田医科大学の鈴木先生、愛知県衛生研究所の山田先生が開発したPCR-based ORF Typing(POT)法
の原理に基づき、マルチプレックスPCRを用いてC. difficileの保有する複数の特定遺伝子領域を
増幅し、アガロースゲル電気泳動法によって分離されたバンドパターンを数値化することで、C.
difficileのクローン推定および菌株識別を行います。

特長

●解析結果を数値化(POT値)することで、C. difficile の菌株識別が可能。
●約4時間以内で分子疫学解析が可能。
●特別な装置は不要。
●PCR-ribotypingと同等の識別能。

キット構成(30回)

 個別名称容量数量
試薬A AptaTaq DNA Master(5×Conc.)* 240 μL 1 本
試薬B PCRサプリメント 240 μL 1 本
試薬C プライマーミックスα 120 μL 1 本
試薬D プライマーミックスβ 120 μL 1 本
試薬E ポジティブコントロール 240 μL 1 本
試薬F 6×ローディングバッファー(BPB・XC) 240 μL 1 本

*AptaTaq DNA Master(5×Conc.)は、Roche Diagnostics K.K.の商品です。

操作手順

分離した菌株を純培養
DNA抽出を行い、テンプレートDNAを調製
2種類のマルチプレックスPCR
アガロースゲル電気泳動
バンドパターンの読み取り
POT値の算出
各検体でのPOT値の比較解析

解析方法

 

電気泳動のパターン
50bp:50 bp DNAラダー PC:ポジティブコントロール
1: ATCC® 9689™、2: ATCC® 43593™、3: ATCC® BAA-1870™、
4~11: C. difficile 分離株

検出ORFの種類(ターゲット領域)とそのPCR増幅産物サイズ

 POT No.増幅サイズ(bp)ターゲット領域

Reaction
mixture 1
PCR PC 498 C. difficile 判定領域
POT 1-1 426 Genomic Islet-1
POT 1-2 372 Genomic Islet-2
POT 1-3 323 Genomic Islet-3
POT 1-4 282 Genomic Islet-4
POT 1-5 242 Genomic Islet-5
POT 1-6 211 Genomic Islet-6
POT 1-7 180 Genomic Islet-7
POT 1-8 151 Genomic Islet-8
POT 1-9 126 Genomic Islet-9
POT 1-10 107 Genomic Islet-10
Reaction
mixture 2
PCR PC 498 C. difficile 判定領域
POT 2-1 425 Genomic Island-1
POT 2-2 331 Genomic Island-2
POT 2-3 294 Genomic Island-3
POT 2-4 266 Genomic Island-4
POT 2-5 229 Genomic Island-5
POT 2-6 185 Binary toxin
POT 2-7 145 Genomic Island-6
POT 2-8 124 Toxin A
POT 2-9 101 Toxin B

①2つのマルチプレックスPCRの電気泳動結果からバンドパターンを読み取ります。
②この電気泳動のバンドの有無の結果を用いて、POT値解析用エクセルシートに二進法で入力し、2つのカテゴリーのPOT値を算出します。
ⅰ)PCR PCが陽性の場合、C. difficileと判定します。
ⅱ)POT2の値が奇数であれば毒素産生遺伝子(Toxin B)を保有しています。
ⅲ)検体間のPOT 値を比較することで、C. difficileの菌体間の相同性を客観的に推測出来ます。
ⅳ) 集団感染から得られた菌体はPOT 1 、2 のPOT 値が全て同一になります。

解析結果

上記電気泳動像11株のC. difficile検体について、POT値を算出した。

 サンプル番号
1234567891011
 PCR-rybotype 001 060 027 078 002 369 ND 014 014 018 018
POT1  881 156 673 28 826 700 433 485 485 691 691
 POT2 311 272 283 267 343 309 272 503 439 23 439
※1: ATCC® 9689™、2: ATCC® 43593™、3: ATCC® BAA-1870™ (BI/NAP1/027)、4~11: C. difficile 分離株
※謝辞:本データは、藤田医科大学 鈴木匡弘先生にご提供いただきました。
※その他の解析結果に関しては下記試料をご参照ください。
代表的なPOT1とPCR-ribotype, ST型解析結果との関係

製品一覧

製品番号 製品名 保存温度 規格 包装 価格
08106-97 シカジーニアスR 分子疫学解析POTキット(C. ディフィシル用)
Cica geneusR C.diff POT kit
冷凍 分子生物学用 30回分 ¥45,000
08178-96 シカジーニアスR DNA抽出試薬
Cica geneusR DNA extraction reagent
冷蔵 分子生物学用 1pack(120回分) ¥22,000

★本キットは愛知県から特許許諾を得て、製造販売しております。
★他メーカーの商品に関するライセンス・パテントについては、各メーカーにご確認ください。
★製品の仕様は、製品の改良のため変更する場合がございます。あらかじめご了承ください。

・「法律」,「SDS」,「在庫」など詳細情報は、製品番号をクリックいただきご確認いただけます。
・試薬のご購入とご使用に際して

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冷凍 分子生物学用 1pack(30回分) ¥38,000
08115-96 シカジーニアスR毒素遺伝子検出キット(C. difficile用)
Cica geneusR Toxin Gene Detection KIT (for C. difficile)
冷凍 分子生物学用 1pack(30回分) ¥42,000

・「法律」,「SDS」,「在庫」など詳細情報は、製品番号をクリックいただきご確認いただけます。
・試薬のご購入とご使用に際して

パンフレット

シカジーニアス® 分子疫学解析キット(C. ディフィシル用) (4,438KB)

取扱説明書

シカジーニアス® 分子疫学解析POTキット(C. ディフィシル用)(1,450KB)

計算シート(ZIPファイル、エクセル)

POT(C. diff)計算シート(ZIPファイル)

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